На юниорском уровне выступал за «Су-Сити Маскетирс» в USHL, а также за хоккейный клуб Небрасского университета в Омахе. На драфте НХЛ 2013 был выбран в 3-м раунде под общим 77-м номером клубом «Питтсбург Пингвинз». 23 мая 2016 года подписал 3-летний контракт новичка с «Питтсбургом».[3] Дебютировал в НХЛ 21 ноября 2016 года в матче против «Нью-Йорк Рейнджерс», в котором забил два гола.[4] 16 апреля 2017 года в матче плей-офф Кубка Стэнли забил три гола в ворота «Коламбус Блю Джекетс» и стал первым в истории «Пингвинз» новичком оформившим хет-трик в матче плей-офф.[5] Во втором матче серии второго раунда розыгрыша Кубка Стэнли 2017 против «Вашингтон Кэпиталз» забил две шайбы и побил рекорд Брайана Раста по количеству голов в плей-офф среди новичков «Питтсбурга».[6]
22 апреля 2018 года в шестом матче серии первого раунда плей-офф против «Филадельфии Флайерз», Джейк Генцел оформил «натуральный покер» и стал третьим игроком в истории НХЛ, забившим четыре шайбы подряд в матче плей-офф.[7] Всего в плей-офф 2018 набрал 21 очко в 12 матчах и после двух раундов был лучшим бомбардиром вместе с одноклубником Сидни Кросби.
27 декабря 2018 года подписал с «Питтсбургом» новый контракт сроком на 5 лет и на общую сумму $ 30 млн.[8] В сезоне 2018/19 впервые в своей профессиональной карьере достиг отметки в 40 заброшенных шайб и стал лучшим снайпером «Питтсбурга» в регулярном чемпионате.